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Chilean Journal of Agricultural Research
Instituto de Investigaciones Agropecuarias, INIA
ISSN: 0718-5820
EISSN: 0718-5839
Vol. 70, No. 2, 2010, pp. 213-220
Bioline Code: cj10023
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

Chilean Journal of Agricultural Research, Vol. 70, No. 2, 2010, pp. 213-220

 en Application of oligonucleotide microarray for the detection and genotyping of CRY genes in Bacillus thuringiensis check for this species in other resources
Xu-Guang, Liu; Fu-Ping, Song; Si-Yuan, Wen; Sheng-Qi, Wang; Da-Fang, Huang & Jie, Zhang

Abstract

We have developed a parallel, rapid, high-throughput oligonucleotide microarray-based assay for the reliable detection and genotyping of three cry genes (cry1, cry2 and cry9) in Bacillus thuringiensis check for this species in other resources (Bt). After the non-polymerase chain reaction (PCR), amplified Bt genomic DNA were fluorescent-labeled using a random primer. The corresponding oligonucleotide probes were designed for the different cry genes that can hybridize Bt genomic DNA after cluster analysis and were printed on glass slides. This microarray has unambiguously detected and identified the cry genes in 10 isolates and reference Bt. Our data demonstrates that the microarray assay is simple and rapid for the detection and genotyping of genes. This type of assay is also a potentially valuable tool for identification and characterization of bacterial functional genes in general.

Keywords
oligonucleotide microarray, cry genes, genotyping, random primer labeling, bioinformatics

 
 es Aplicación de microarreglo de oligonucleótidos en la detección y tipificación génica de genes cry en Bacillus thuringiensis check for this species in other resources
Xu-Guang, Liu; Fu-Ping, Song; Si-Yuan, Wen; Sheng-Qi, Wang; Da-Fang, Huang & Jie, Zhang

Resumen

Se desarrolló un ensayo paralelo, rápido, de alto rendimiento, basado en microarreglo de oligonucleótidos para la detección y tipificación génica confiable de tres genes cry (cry1, cry2 y cry9) en Bacillus thuringiensis check for this species in other resources (Bt). Después de la no reacción de cadena polimerasa (PCR), el ADN genómico de Bt amplificado se marcó con fluorescencia usando primer al azar. Las correspondientes sondas de oligonucleótido fueron diseñadas por los diferentes genes cry en ADN genómico de Bt que pueden ser hibridados después de análisis cluster y se imprimieron en portaobjetos de vidrio. Este microarreglo ha detectado e identificado sin ambigüedad los genes cry en 10 aislamientos y Bt de referencia. Nuestros datos demuestran que el microarreglo es simple y rápido para la detección y tipificación génica de genes. Este tipo de ensayo es además una herramienta potencialmente valiosa para identificación y caracterización de genes funcionales bacterianos en general.

Palabras-clave
microarreglo de oligonucleótidos, genes cry, tipificación génica, marcación con primer al azar, bioinformática

 
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