search
for
 About Bioline  All Journals  Testimonials  Membership  News  Donations


African Crop Science Journal
African Crop Science Society
ISSN: 1021-9730
EISSN: 2072-6589
Vol. 26, No. 2, 2018, pp. 305-313
Bioline Code: cs18021
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

African Crop Science Journal, Vol. 26, No. 2, 2018, pp. 305-313

 en Diversity level of genomic microsatellite among cultivated genotypes of Digitaria check for this species in other resources species in Nigeria
Animasaun, D.A.; Awujoola, K.F.; Oyedeji, S.; Morakinyo, J.A. & Krishnamurthy, R.

Abstract

Acha ( Digitaria exilis check for this species in other resources Kipps. and D. iburua check for this species in other resources Stapf.) are valuable indigenous food crops in West Africa. Despite several economic potentials of this crop, little or no attention is paid to its germplasm evaluation and improvement. In this study, we assessed genetic diversity and relationship among genotypes of cultivated acha in Nigeria, using Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) markers for the first time. Genomic DNA were extracted from the genotypes and we performed fragment amplification by Polymerase Chain Reaction (PCR). A total of 95 loci consisting of 790 bands were amplified by 13 ISSR primers, out of which 53.37% were polymorphic. Loci amplification per primer ranged from 5-10, with an average of 7.30 loci per primer. Eight of the primers had above 50% polymorphism. Cluster analysis separated the genotypes into two major groups; a group consisting of two D. exilis genotypes and the other comprising a mixture of genotypes. The D. exilis in the latter group were distant members and was only similar at 0.72 similarity index. The polymorphism we obtained in the present study showed that the ISSR markers are effective for assessment of genetic diversity of the genotypes. Clustering of D. exilis and D. iburua together suggests a common progenitor but could have been separated by geographical isolation mechanism.

Keywords
Digitaria exilis; D. iburura; genetic diversity; ISSR markers; orphan crops

 
 fr
Animasaun, D.A.; Awujoola, K.F.; Oyedeji, S.; Morakinyo, J.A. & Krishnamurthy, R.

Résumé

Les fonios ( Digitaria exilis check for this species in other resources Kipps. et D. iburua check for this species in other resources Stapf) sont des cultures alimentaires très importantes en Afrique de l’Ouest. Malgré les différentes potentialités économiques de cette culture, très peu ou aucune attention n’est portée sur l’évaluation et l’amélioration de son germplasm. Dans cette étude, nous avions évalué la diversité génétique et la relation entre les génotypes cultivés du fonio au Nigéria, en utilisant les markers Inter-Simple SequenceRepeat (IISSR) pour la première fois. Les ADN génomiques étaient extraits des génotypes et nous avions utilisé la technologie de Réaction en Chaîne de la Polymérase (PCR). Un total de 95 loci contenant 790 bands étaient amplifiées par 13 amorces d’ISSR, sur lesquelles 53,37% étaient polymorphiques. L’amplification des loci par amorces variait de 5 à 10, avec une moyenne de 7.30 loci per amorce. Huit des amorces ont plus de 50% de polymorphisme. L’analyse typologique a séparé les génotypes en deux grands groupes ; un groupe comportant deux génotypes de D. exilis et les autres comprennent un mélange de génotypes. Les D. exilis dans le dernier groupe étaient membres distants et étaient le seul similaire à 0,72 d’indice de similarité. Le polymorphisme que nous avons obtenu dans cette étude a montré que les markers ISSR sont efficaces pour l’évaluation de la diversité génétique des génotypes. Le regroupement de D. exilis et D. iburua ensemble suggère un parent commun mais pourrait être séparé par le mécanisme d’isolement géographique.

Mots Clés
Digitariaexilis; D. iburura; diversitégenetic; cultures orphelines; markers ISSR

 
© Copyright 2018 - African Crop Science Society

Home Faq Resources Email Bioline
© Bioline International, 1989 - 2019, Site last up-dated on 02-May-2019.
Site created and maintained by the Reference Center on Environmental Information, CRIA, Brazil
System hosted by the Internet Data Center of Rede Nacional de Ensino e Pesquisa, RNP, Brazil