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African Crop Science Journal
African Crop Science Society
ISSN: 1021-9730
EISSN: 1021-9730
Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 327-348
Bioline Code: cs18023
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

African Crop Science Journal, Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 327-348

 en Genome wide analysis of NAC transcription factors and their expression pattern during high temperature and drought stress in groundnut
Suchithra, B.; Devaraj, V.R. & Nagesh Babu, R.

Abstract

NAC (NAM, ATAF1/2 and CUC2) is a prime plant specific transcription factor, which plays a pivotal role in stress signaling. Excavating a relatively large number of NAC TFs under complex environmental cues and understanding their molecular basis, remains a challenge. The objective of this study was to analyse a total of 76 NAC transcription factors of which 38 were from Arachis duranensis check for this species in other resources (AdNAC) and Arachis ipaensis check for this species in other resources (AiNAC) for phylogeny, chromosomal location, conserved motif identification including membrane bound NTLs (NAC trans-membrane like), promoter analysis and expression profiles under high temperature and drought stress. The study led to the identification of eight membrane bound NTLs, such as AdNAC26, AdNAC36, AiNAC16, AiNAC17, AiNAC37, AdNAC14, AiNAC12, and AiNAC29, and revealed that majority of NAC proteins had four NAC domain- containing conserved motifs and were localised at the nucleus. The study also reveals AdNAC21 and AiNAC3 as positive regulators under both stress conditions. Our results provide a basis for selection of promising stress- responsive NAC candidates for further functional analysis, leading to development of transgenics with improved productivity of groundnut varieties under drought and high temperature.

Keywords
Conserved motifs; NTL; phylogenetic tree; RT- qPCR

 
 fr
Suchithra, B.; Devaraj, V.R. & Nagesh Babu, R.

Résumé

NAC (NAM, ATAF1/2 et CUC2) est un facteur spécifique primordial dans la transcription chez la plante, qui joue un rôle principal dans la signalisation des stresses. Fouiller un nombre relativement important de NAC TFs sous le complexe des signaux environnementaux et comprendre leur base moléculaire, demeurent un défi. L’objectif de cette étude était d’analyser un total de 76 facteurs de transcription desquels 38 sont de Arachis duranensis check for this species in other resources (AdNAC) et Arachis ipaensis check for this species in other resources (AiNAC) pour la phylogénie, la localisation chromosomique, l’identification du motif conservé y comprises la membrane liée NTLs (semblable à NAC transe-membrane), analyse du promoteur et les profils d’expression sous le stress de haute température et de sécheresse. L’étude a conduit à l’identification de huit membranes NTLs liées, telles que AdNAC26, AdNAC36, AiNAC16, AiNAC17, AiNAC37, AdNAC14, AiNAC12, et AiNAC29, et a révélé que la majorité des protéines NAC ont quatre domaines NAC- contenant des motifs conservés et sont localisés dans le noyau. L’étude a aussi révélé AdNAC21 et AiNAC3 comme régulateurs positifs sous les deux conditions à la fois. Nos résultats ont fourni une base pour la sélection des NAC candidats donnant de réponses satisfaisantes aux stresses pour une analyse fonctionnelle avancée, conduisant au développement des transgéniques avec des variétés d’arachide à rendement amélioré sous la sécheresse et une haute température.

Mots Clés
Motifs conservés; NTL; arbre phylogénétique; RT- qPCR

 
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