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African Crop Science Journal
African Crop Science Society
ISSN: 1021-9730
EISSN: 2072-6589
Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 377-388
Bioline Code: cs18026
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

African Crop Science Journal, Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 377-388

 fr
Mbeyagala, E.K.; Tukamuhabwa, P. & Mukasa, S.B.

Résumé

L’apparition de CABMV sur le niébé ( Vigna unguiculata check for this species in other resources (L.)) en Ouganda a été décrite récemment dans plusieurs études. Cette étude a développé et optimisé un essai basé sur la transcription inverse- réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) pour la détection du CABMV dans les échantillons de feuilles, et la comparé aux essais précédents basés sur la RT-PCR et ELISA. L’usage de l’amorce direct (CABFF1, 5'- GGT AAC AAY AGT GGR CAA CC-3’) et d’amorce réverse (CABRR1, 5'- CTG AGC ACT CMA ACC GGG-3') a donné ~ 1,642 bp. Le séquençage d’amplicon et l’analyse subséquente de BLASTN ont montré que les isolats d’Ouganda étaient à 89,3-94,3% identiques indiquant qu’ils appartiennent à la même souche de CABMV. Les analyses phylogénétiques ont aussi placé les isolats Ougandais dans la même classe qui est différente des autres isolats mais proche de ceux du Burkina-Faso. Néanmoins, les essais de RT-PCR (GF/GR paire d’amorces) précédents n’ont pas donné les fragments PCR espérés (221 bp) et n’ont donné aucune détection de virus à partir du séquençage d’amplicon et de l’analyse de la séquence. L’essai de l’ELISA n’a pas différencié entre les échantillons positifs et négatifs. L’essai RT-PCR nouvellement développé pour détecter le CABMV, décrit dans cette étude, a d’importantes applications pour la mise en quarantaine de la plante, sélection pour la résistance, les études des gammes d’hôtes ainsi que les études épidémiologiques pour le contrôle du CABMV dans le pays.

Mots Clés
NCM-ELISA; RT-PCR; séquençage; Vigna unguiculata

 
 en Detection of cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) in cowpea by reverse transcription polymerase chain reaction
Mbeyagala, E.K.; Tukamuhabwa, P. & Mukasa, S.B.

Abstract

The occurrence of CABMV on cowpea ( Vigna unguiculata check for this species in other resources L. Walp) in Uganda was described recently in several studies. This study developed and optimised a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) based assay for the detection of CABMV in leaf samples, and compared it to previous RT-PCR and ELISA assays. Use of the forward primer (CABFF1, 5'- GGT AAC AAY AGT GGR CAA CC-3') and the reverse primer (CABRR1, 5'- CTG AGC ACT CMA ACC GGG-3') yielded a product of ~ 1,642 bp. Amplicon sequencing and subsequent BLASTN analysis showed that Ugandan isolates were 89.3-94.3% identical indicating they belong to the same strain of CABMV. Phylogenetic analysis also placed the Ugandan isolates in the same cluster different from other isolates but closer to those from Burkina Faso. However, the previously reported RT-PCR assay (GF/GR primer pair) did not give the expected PCR fragment (221 bp) and gave no virus hits upon amplicon sequencing and sequence analysis. The ELISA assay did not differentiate between positive and negative samples. The newly developed RT-PCR assay for detecting CABMV, described in this study, has important applications for plant quarantine, resistance breeding, host range studies as well as epidemiological studies for the control of CABMV in the country.

Keywords
NCM-ELISA; RT-PCR; sequencing; Vigna unguiculata

 
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