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African Crop Science Journal
African Crop Science Society
ISSN: 1021-9730
EISSN: 2072-6589
Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 433-445
Bioline Code: cs18030
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

African Crop Science Journal, Vol. 26, No. 3, 2018, pp. 433-445

 en Molecular characteristics of Tomato mosaic virus infecting tomato in Uganda
Arinaitwe, W.; Ochwo-Ssemakula, M.; Mbewe, W.K.; Sseruwagi, P.; Kyamanywa, S.; Erbaugh, M.; Miller, S. & Qu, F.

Abstract

Viral diseases are part of the limiting factors to tomato ( Solanum lycopersicum check for this species in other resources L.) cultivation worldwide, reducing both the quality and quantity of yield. Tomato mosaic virus (ToMV) is one of the damaging viruses of tomato. This paper describes molecular characteristics of the full length genome of ToMV isolated from tomato in Uganda (ToMV-Ug). The genomic, ribonucleic acid (RNA), of this isolate is 6383 nucleotides (nts) in length, encoding four open reading frames (ORFs). Based on the homology with other ToMV strains, the 5’ proximal 130 kilo dalton (kDa) ORF and its read-through product (180 kDa) are expected to encode two proteins required for viral genome replication; while the 30 kDa middle ORF and the 17.5 kDa 3’ proximal ORF are expected to encode the movement protein (MP) and coat protein (CP), respectively. The 5’- and 3’- untranslated regions (UTRs) are 71 and 201 nts, respectively. Comparison with previously published ToMV sequences showed that ToMV-Ug is 99% identical to ToMV strains from Africa (Egypt and Zimbabwe), as well as diverse locations such as China, Australia, Germany and Japan; suggesting high levels of sequence conservation within this virus. This is the first report detailing molecular analysis of a ToMV isolate from Uganda and the Eastern and Central Africa regions.

Keywords
Ribonucleic acid; Solanum lycopersicum; Tobamovirus

 
 fr
Arinaitwe, W.; Ochwo-Ssemakula, M.; Mbewe, W.K.; Sseruwagi, P.; Kyamanywa, S.; Erbaugh, M.; Miller, S. & Qu, F.

Résumé

Les maladies virales font partie des facteurs limitant la production mondiale de la tomate ( Solanum lycopersicum check for this species in other resources L.), réduisant à la fois la quantité et la qualité du rendement. Le virus de la mosaïque de la tomate (ToMV) est l’un des virus endommageant la tomate. Ce papier décrit les caractéristiques moléculaires de la longueur du génome de l’isolat ToMV de la tomate en Ouganda (ToMV-Ug). L’acide génomique, ribonucléique (ARN), de l’isolat a une longueur de 6383 nucléotides (nts), codant quatre cadres de lecture ouverts (ORFs). Sur la base de l’homologie avec les autres souches de ToMV, le proximal 5’ de 130 kilo dalton (kDa) de l’ORF et sa lecture à travers le produit (180 kDa) sont espérés coder pour deux protéines nécessaires à la réplication du génome viral ; alors que les 30 kDa du ORF moyen et les 17,5 kDa du proximal 3’ du ORF sont espérés coder pour le mouvement de la protéine (MP) et la protéine de l’enveloppe (CP), respectivement. Les régions non traduites du 5’ et 3’ (UTRs) sont de 71 et 201 nts, respectivement. La comparaison avec les séquences (ToMV) précédemment publiées a montré que ToMV-Ug est à 99% identique aux souches ToM de l’Afrique (Egypte et Zimbabwé), ainsi que diverses localités telles que la Chine, l’Australie, la Germanie et le Japon ; suggérant de hauts niveaux de séquence de conservation dans ce virus. Ceci est le premier rapport détaillant l’analyse moléculaire d’un isolat ToMV d’Ouganda et les régions Est et Centre de l’Afrique.

Mots Clés
Acide ribonucleic; Solanum lycopersicum; virus du Tobamo

 
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