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African Crop Science Journal
African Crop Science Society
ISSN: 1021-9730
EISSN: 2072-6589
Vol. 28, No. 3, 2020, pp. 363-374
Bioline Code: cs20026
Full paper language: English
Document type: Research Article
Document available free of charge

African Crop Science Journal, Vol. 28, No. 3, 2020, pp. 363-374

 en Portable PCR field-based detection of sweetpotato viruses
Ssengo, J.; Wasswa, P.; Mukasa, S.B.; Okiror, A. & Kyamanywa, S.


Sweetpotato ( Ipomoea batatas check for this species in other resources Lam.) production is greatly constrained by viral infections, especially Sweet potato feathery mottle virus and Sweet potato chlorotic stunt virus that synergistically cause a severe sweetpotato virus disease. The impact of viruses is aggravated by the vegetative nature of the crop and inaccessibility to dependable diagnostic tools in rural areas where sweetpotato production is done. This makes it hard for seed inspectors to perform quality checks prior to use of vines for planting. The objective of this study was to develop a procedure that allows for detection of sweetpotato viruses on-site. This involved modification of the Lodhi et al. (1994) nucleic acid extraction procedure, by omitting some of the laboratory specific steps and varying the incubation time in liquid nitrogen, instead of the freezer. Incubation in liquid nitrogen for only 1.5 hours yielded as high quality RNA compared to that of the original protocol, when incubation was done at 4°C overnight in a freezer. Reverse transcriptase (RT) was run using a portable miniPCR thermocycler; and the resulting cDNA was amplified using this miniPCR machine instead of using a laboratory stationed conventional PCR thermocycler. The cDNA was efficiently amplified and amplicons were similar to those obtained with the original extraction protocol and subsequent amplification by the conventional RT-PCR. Our protocol reduced extraction time from about 16 hours for the original protocol, to about 2 hours and 45 minutes. If this tool is utilised by the crop protection departments, we believe it will contribute greatly towards sustainable sweetpotato production through making timely recommendations.

Incubation; liquid nitrogen; miniPCR

Ssengo, J.; Wasswa, P.; Mukasa, S.B.; Okiror, A. & Kyamanywa, S.


La production de la patate douce ( Ipomoea batatas check for this species in other resources Lam.) est fortement limitée par les infections virales, en particulier le virus de la marbrure plumeuse de la patate douce et le virus du stunt chlorotique de la patate douce qui provoquent en synergie une maladie virale grave de la patate douce. L’impact des virus est aggravé par la nature végétative de la culture et l’inaccessibilité des outils fiables pour le diagnostic dans les zones rurales où la production de patate douce est réalisée. Cela rend difficile les inspecteurs des semences d’effectuer des contrôles de qualité avant l’utilisation des vignes par les agriculteurs. L’objectif de cette étude était de développer une procédure permettant la détection des virus de la patate douce sur place. Cela impliquait une modification de Lodhi et al. (1994) procédure d’extraction d’acide nucléique, en omettant certaines des étapes spécifiques du laboratoire et en faisant la variation de temps d’incubation dans l’azote liquide, au lieu du congélateur. L’incubation dans l’azote liquide pendant seulement 1,5 heure a donné un ARN de haute qualité comme le protocole d’origine, lorsque l’incubation a été effectuée à 4 ° C pendant une nuit dans un congélateur. La transcriptase inverse (RT) a été faite en utilisant un thermocycleur mini PCR portable et l’ADNc, et résultant a été amplifié en utilisant cette machine mini PCR au lieu d’utiliser un thermocycleur PCR conventionnel stationné en laboratoire. L’ADNc a été efficacement amplifié et les amplicons étaient similaires à ceux obtenus avec le protocole d’extraction original et l’amplification ultérieure par la RT-PCR conventionnelle. Notre protocole a réduit le temps d’extraction d’environ 16 heures pour le protocole d’origine, à environ 2 heures et 45 minutes. Si cet outil est utilisé par le département de la protection des cultures, nous pensons qu’il contribuera grandement à la production durable de patate douce en faisant des recommandations en temps opportun.

Mots Clés
Incubation; azote liquide; mini PCR

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