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Changes in endogenous levels of IAA and PAA in rice seed during development, prediction of auxin signaling proteins and docking for its binding efficiency with auxin molecules Jhala, V.M.; Chudasama, K.S. & Thaker, V.S. Abstract Indole-3-acetic acid (IAA) and phenyl acetic acid (PAA) are two major physiologically active auxins, found in higher plants. The objective of this study was to evaluate changes in the endogenous levels of IAA and PAA in rice ( Oryza sativa ) seed and predict probable transporter and efflux (signaling) proteins for docking with auxins from the available rice genome data. IAA and PAA were estimated during rice seed development using sensitive and specific antibodies against each hormone. The levels of IAA and PAA were higher when sink size development was at its peak, suggesting an important role played by the auxin in sink size development of rice seed. Furthermore, auxin binding transporters proteins of rice were confirmed for docking purpose and compared with Arabidopsis and maize proteins. In this context, PAA docked with known IAA proteins; although, docking score of IAA was higher than that of PAA in rice seed. Twelve genes of the auxin efflux carrier (PIN family) of rice were also analysed for phylogeny relatedness with Arabidopsis and maize, to further understanding auxin concentrations and efflux within rice seeds. The predicted PIN proteins for IAA efflux of rice showed docking affinities with PAA, revealed its role in maintaining physiological concentrations of auxins in rice seeds. Keywords Immunoassay; Indole-3-acetic acid; Oryza sativa; phenyl acetic acid

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Jhala, V.M.; Chudasama, K.S. & Thaker, V.S. Résumé L’acide indole-3-acétique (IAA, Indole-3-acetic acid) et l’acide phénylacétique (PAA, phenyl acetic acid) sont deux auxines physiologiquement actives majeures, trouvées dans les plantes supérieures. L’objectif de cette étude était d’évaluer les changements dans les niveaux endogènes d’IAA et de PAA dans les graines de riz (Oryza sativa) et de prédire les protéines de transport et d’efflux (signalisation) probables pour l’amarrage aux auxines à partir des données disponibles sur le génome du riz. L’IAA et le PAA ont été estimés au cours du développement des semences de riz en utilisant des anticorps sensibles et spécifiques contre chaque hormone. Les niveaux d’IAA et de PAA étaient plus élevés lorsque le développement de la taille du puits était à son maximum, suggérant un rôle important joué par l’auxine dans le développement de la taille du puits des graines de riz. De plus, les protéines transporteuses de liaison aux auxines du riz ont été confirmées à des fins d’amarrage et comparées aux protéines d’Arabidopsis et de maïs. Dans ce contexte, le PAA s’est amarré à des protéines IAA connues ; cependant, le but d’amarrage de l’IAA était plus élevé que celui du PAA dans les semences de riz. Douze gènes du transporteur d’efflux d’auxine (famille PIN) du riz ont également été analysés pour la phylogénie avec Arabidopsis et le maïs, afin de mieux comprendre les concentrations d’auxine et l’efflux dans les graines de riz. Les protéines PIN prédites pour l’efflux d’IAA du riz ont montré des affinités d’amarrage avec le PAA, ont révélé son rôle dans le maintien des concentrations physiologiques d’auxines dans les graines de riz. Mots Clés Immunoessai; acide indole-3-acétique; Oryza sativa; acide phénylacétique

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